本发行版在软件方面进行了进行的安装、测试和挑选，能最大程度满足日常办公、网页浏览、影音播放、桌面搜索、图片管理、文档阅读、光盘刻录、虚拟模拟、词典查询、网页编辑、文件备份、磁盘管理、文件下载、系统配置、简要开发和三维桌面等工作。具体的系统软件列表如下：
*. 办公软件：系统默认安装有openoffice.org 2和永中office 2007，较好地解决了和microsoft office的兼容和访问问题。如果您需要使用Microsoft Office，您可以利用CrossOverOffice 6.0 Professional来进行安装，这个软件目前在运行稳定型和速度上有了极大提高，可以很流畅的实现MS Word运行。其他简单的文字编辑工具有Gvim, Mousepad, geditor等，可以很好地适应您编程代码编写的要求。
*. 文档阅读：在电子文档阅读方面主要有PDF阅读器Adobe Reader 7.0和Evince。特别是后者可以浏览多种格式的电子文档。帮助文件浏览器为ChmSee。
*. 网页浏览：系统已经配置好网页浏览器Firefox、Opera和Mozilla。值得说明的是firefox，它有很多功能强大的插件工具，可以在您网页浏览的时候给你带去很多方便和震撼性功能。基于终端的网页浏览器采用lynx，这个浏览器可以在特定需要的情况下满足您的需要。此外，系统还带一个网页镜像浏览服务器WebHTTrack（http://bioinfoservos:8080/server/index.html），采用它，您可以实现网页的离线浏览和抓取。E-Mail工具推荐使用Sylpheed Claws。
*. 即时信息：基于网络的即时信息工具有多协议聊天工具Gaim和Kopete。GoogleTalk工具Tapica Gtalk，以及电话语音工具WengoPhone。至于Telet频道工具，您可以采用XChat IRC。
*. 文件传输：文件传输包含了多个工具，如BT传输工具Amule、AzuresusBT和BitStormLite; FTP传输工具，gFTP、FileZilla和基于终端的FTP。多线程下载工具有Downloader for x, MultiGet, Prozigui。基于终端的下载工具有wget，它的功能十分强大，可以实现文件镜像和多协议、多线程下载。当然，您完全还可以利用CrossOverOffice 6.0 Professional运行windows下的杰出下载软件Flashget, 这个软件应安装在/opt/flashget下，运行时只需要用corssover office打开就可以了。此外，系统还带一个很强大的站点镜像工具Grsync，它时rysnc的一个GUI界面，功能一如rysnc在终端下的强大。
*. 图形图像：系统图片浏览、管理工具主要有GQview, gThumb (它可完成图片的缩略图、格式转换等工作）, F-spot和Picasa。图片编辑工具主要为GIMP,它的功能有如windows下的Photoshop一样强大。此外，一些图片图表绘制工具，如 Dia viso, FreeMind和xfig可以让您的办公和日常记录变得非常简单和形象。图片的抓取工具，系统默认为Ksnapshot，它的功能简单有效，可以实现桌面图片的抓取。
*. 媒体工具： 媒体播放工具主要有Beep, Audacious，这两个工具前者时老牌的音乐播放器，但目前已经停止开发，而后者目前发展良好，大有取代它之意。影视播放软件可以采用系统默认安装的几个软件，如mplayer, Totoem，VLC，它们都是多格式影音文件播放器，可以免除您在windows下遇到解码器需要的麻烦。在影音文件录制和抓取方面，系统有摄像头录制软件dvr-qt，桌面操作录制软件Istanbul DesktopRecorder，和CD文件抓取工具Ripper X CD.
*. 光盘工具：刻录软件有Nero Linux, K3b和GnomeBaker，其中Nero Linux功能最为强大。光盘文件编辑工具有IsoMaster，它可以轻松实现对光盘文件的编辑、添加和删除等工作。此外，作为系统光盘重定制和生成工具Reconstructor，它可以轻松实现您发行Ubuntu系统光盘的梦想。
*. 文件管理： 由于系统采用Xfce4桌面管理系统，因此我们采用了轻量级的文件管理器Thunar（当然，如果您觉得它的功能还不够强大，那么您可以选择安装 Nautilus这个基于gnome桌面的文件管理器）。在系统文件搜索方面，请您采用beagle这个桌面搜索软件，这是一个与 googleDesktop很类似的一个软件。此外，您还可以使用SearchMonkey这个即时文件搜索工具。文件管理方面，还包含了文件批量命名工具BulkName、文件差异比较工具Meld和文件备份工具Unison。
*. 语言词典： 系统推荐的词典工具为网际快典，这个词典系统已经默认安装了生物专业词库(www.mova.org_biology，湘雅生物词典, 21世纪词典双解与科技词典)和其他一些大型词典（如langman, Merrian Webster, oxford， langdao, New Century Science Dictionary）词库，而且您还可以将金山词霸等工具的词库导入进来以增加词库丰富程度。“轻轻松松”背单词包含了多部教科书和GRE等词汇，十分经典。当然系统还默认安装了“金山词霸”这个工具，不过由于这个词典运行采用了wine底层技术，因此，运行起来还不是很流畅，也不能进行屏幕取词，但您可以利用它进行词汇的查询。
*. 系统管理： 系统管理有多个，首要说明的是xfce4中的控制中心，里面集成了最常用的系统设置和配置工具。此外，我们还单独配置了一些独有的工具，如系统安全工具（firestart，avast！），启动管理工具(bootup-manager, process manager, gnome-system-monitor)，系统清理工具（kleansweep, remove orphaned packages)，分区管理工具（gparted), 磁盘文件恢复（TestDisk, photorec图片恢复)， 磁盘镜像 partimage)，字体管理（dfontgr)，系统配置文件编辑器（xorg-edit)，网络配置工具（Dr.com，可以实现校园网认证要求; NetWork-admin可以实现网络连接配置），远程桌面登陆（rdesktop)，系统风格和图标修饰（GnomeArt）
*. 运行环境：系统运行过程中的一些环境需求如java, perl, python, php, apache, mysql等都已经配置完好。Java运行环境采用sun-java5-jdk，sun-java5-jre和j2re1.4；perl采用perl 5.87; ruby采用ruby 1.8；python采用python 2.3/2.4; PHP采用php 5.0；mysql采用mysql server 5.0; apache采用apache2.0.55；其他的有libapache2-mod-perl2， libapache2-mod-php5，php5-cgi。
*. 虚拟模拟 : 系统默认了Vmware-player、Virtual BOX和Easywine, 在使用Vmware-player和Virtual BOX之前，请您启动其对应的服务，否则会出现错误。
Dr. Liu